研究事物或系统的各个组成部分相互联结，组合为整体的方式的方法。特点是不把事物或系统的性质和功能看作是各个组成部分的性质和功能的简单总和，而是看作各个组成部分在某种整体构造或某种相互关联中产生出来的新的性质和功能。

人们为获得科学认识所采用的规则和手段系统。它是科学认识的成果和必要条件。可分为三个层次：(1)单学科方法，也称专门科学方法；(2)多学科方法，也称一般科学方法，是适用于自然科学和社会科学的一般方式、手段和原则；(3)全学科方法，是具有最普遍方法论意义的哲学方法。

人们在逻辑思维过程中，根据现实材料按逻辑思维的规律、规则形成概念、作出判断和进行推理的方法。包括形式逻辑方法和辩证逻辑方法。形式逻辑方法包括普通(传统)逻辑方法(如综合、抽象、概括、定义、划分等)和现代形式逻辑方法(如形式化方法、公理化方法)。辩证逻辑方法包括归纳与演绎结合、分析与综合结合、逻辑的与历史的结合、抽象上升到具体等方法。

由已有几个假说而提出新的假说的方法。它主张比较几个相互竞争的科学假说并吸取各个科学假说的长处，以摆脱单一科学假说的局限性。

也称“模型方法”。通过在实验室中设计和制作出与某自然现象或过程(即原型)相似的模型来间接地研究原型的形态、特点和规律性的方法。特点是可对已事过境迁的自然现象进行实验研究，可将研究对象放大或缩小并在短时间内重复出现，可使人在某些特殊实验中趋利避害。

运用数学的概念、理论、技巧对研究对象的数量、结构进行分析、描述、计算和推导，揭示对象运动规律的方法。它的特点是具有抽象性、精确性和普遍适用性。主要有数学模型方法和公理化方法等。

人们在一定世界观指导下观察、研究事物和现象所遵循的规则和程序。是关于主观反映客观即认识世界的方法。思想方法与世界观、认识论是一致的。因世界观不同存在着不同的思想方法。实事求是，一切从实际出发是马克思主义根本的思想方法。

也称“假想实验方法”。人们按照真实实验或实物实验的模式，在已有科学知识基础上，在思想中将研究对象置于理想化条件或在假想的实验仪器设备下加以操作，考察其运动变化过程，发现其规律的研究方法。可分为不可物化型和可物化型。

关于生产组织的安排和管理的一种数学方法。要求在头绪纷繁的任务或工程中，通过网络图(或箭头图)的形式找出一条关键路线来，以便控制和掌握这些任务或工程的进程，从而提高生产安排和管理的科学性。自1965年起，经华罗庚的倡导，在中国许多部门得到推广和应用。

运用数学工具研究、揭示事物随机现象规律性的方法。以概率论为理论基础。包括统计平均值、抽样统计、统计推理等。